Appelez-nous dès maintenant

+34 94 403 6998

Nous nous situons à

Derio - Bilbao

Envoyez-nous un courriel

info@noraybio.com

Nos horaires

L-J 8:30-18:00 et V 08:30-15:00

  • Home
  • Produits
  • MSI Analyst

MSI Analyst. Logiciel pour l’étude d’image par spectrométrie de masse.

MSI Analyst

Qu'est-ce que MSI Analyst?

MSI Analyst est un nouveau logiciel pour l’étude de spectrométrie de masse par image qui permet le procesus et la visualisation des expérimentations de MSI , et intègre une série d’outils de mining-data qui offre de nouvelle perspectives d’analyse et une meilleure interprétation des données.
MSI Analyst intègre la plupart des formats des plus grands distributeurs du marché, de même que d’autres formats standards tels qu’ imzML. Il comprend aussi les outils classiques pour le traitement des données de spectrométrie de masse, en plus d’autres développements qui lui sont propres (par exemple, 8 différents types de normalisation), et des outils graphiques qui offrent une nouvelle expérience de visualisation au chercheur. De plus, le logiciel intègre des fonctionnalités pour l’identification semi-automatique des piques contre une base de données moléculaires adaptable.

Fonctionnalités clés

  • Traitement rapide et exhaustif. Importer, filtrer, aligner et normaliser pour obtenir les données en seulement quelques minutes.
  • Visualisation intuitive et puissante, à travers des nouveaux composants et outils de visualisation, grâce à la technologie XNA.
  • Automatisation de l’extraction des connaissances. Les outils de data-mining intégrés rendent automatiques la détection des régions différentielles, tout comme la sélection de composants.
  • Gestion facile des expérimentations, procédés et des composants.
  • Rapports automatiques. Obtenez un rapport exhaustif de vos résultats en un seul clic.

Caractéristiques principales

Pré-traitement des données

  • Filtration de masses.
  • Filtration par intensité (Ratio Signal-bruit / Pourcentage du Maximun / Ajustement Polinomyal).
  • Elimination des pics.
  • Méthodes de Binning: Standard Binning / Centre of Mass Binning.
  • Smoothing: Méthode de Savitzky-Golay.
  • Correction de ligne base: Par partie/ Ajustement polinomial.
  • Sélection des piques: Naïve / Simple Peak Finding.
  • Prévisualisation instantanée des effets des filtres pour faciliter la prise de décision.

Alignement et calibrage

  • Alignement: Alignement en bloc / Méthode de Xiong.
  • Calibrage en bloc.

Normalisation

  • 8 méthodes de normalisation : Total Ion Current / P-norm / Mean / Median / Niveau sonore / Maximum / TIC with niveau d’exclusion / Normalisation contre la sélection de pic.

Gestion des données

  • Gestion des expérimentations intuitives : Liste/ Filtre / Visualisation en arborescence de tout les procédés réalisés sur une expérience.
  • Base de donnée de composants : Recherches / Importation depuis un dossier ou insertion manuelle / Edition / Groupement de composant.
  • Rapports automatiques et exhaustifs.

Visualisation des données

  • Distribution des pics : représente et examine les répartitions bidimensionnelles des molécules d’un tissu.
  • Obtention des spectres du milieu de l’expérimentation ou une région en particulier.
  • Identification des composants
  • Visualisation de « mass video » à partir des images de représentation du tissu de chaque pic intéressant au niveau du milieu du spectre.
  • Plus de 20 gradients de couleur.
  • Ajustement des niveaux de couleur-intensité.
  • Zoom sur les images et les spectres.

Base de données de composants

  • Exportation de dossier d’images et spectres.
  • Importation, recherche et gestion des composants.
  • La base de données actualisable contient plus de 33.000 lipides déjà téléchargés, bien que cela s’adapte à tout type de molécule.
  • Identification des pics. Recherche de tous les composants ionisés éligible pour un pic en particulier/obtention d’une liste de candidats pour tout les pic du spectre moyen.

Analyse statistique: Principal Component Analysis

  • Trois algorithmes : PCA classique / PCA itératif / Landmark Isomap
  • Recherche de façon automatique les régions du tissu différenciées selon sa composition.
  • Visualisation de la distribution des composants individuels.
  • Représentation du graphique de coefficients des composants principaux.

Analyse statistique : Clustering

  • Deux algorithmes : K-MEANS / Partitional Hierarchical Clustering.
  • Recherche de façon automatique des régions du tissu différenciées et assignation à chaque point du tissu à sa région.
  • Représentation des spectres du milieu de chaque cluster.
  • Identification de bio marqueurs : Obtention des principaux pics impliqués dans un cluster.

Références

    MSI Analyst a été développé en étroite collaboration avec le groupe GEsEM of The University of the Basque Country, et utilisé dans le développement du travail suivant:
  • R. Fernández, S. Lage, B. Abad, G. Barceló, S. Terés, D. H. López, F Guardiola, M. L. Martín, P. V. Escribá and J. A. Fernández. Analysis of the lipidome of xenografts using MALDI-IMS and UHPLC-ESI-QTOF, J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2014, Accepted for publication
Nous pouvons aussi retrouver ce travail dans la publication suivante :

Noray Bioinformatics, S.L.U.
Parque Tecnológico de Bizkaia
Edif. 801A, 2º
48160 - Derio - Espagne

+34 94 403 6998
info@noraybio.com

Copyright © NorayBio 2017